Di Pesantren Baitul Qur’an terdapat organisasi yang di beri nama BEST BQ ( Badan Eksekutif Santri Tahfidz Baitul Qur’an), Organisasi ini dibentuk pada tanggal 8 juni 2016. Adapun Pembina umum BEST BQ adalah Ust Andi Kurniawan Spdi.
Masa bakti BEST BQ selama satu tahun, dimulai dari kelas XI (Sebelas) semester II sampai kelas XII semester I dan beranggota satu angkatan.
Tujuan dibentuknya BEST BQ ialah melatih jiwa kepemimpinan yang berakhlaq, Bertaqwa, dan Hafal Quran.
Harapan di bentuknya BEST BQ ialah agar suatu saat aka nada diantara kami, yang duduk menempati kursi pemerintahan untuk membangun Negara Indonesia yang lebih baik.
Adapun pembagian departemen-departemen terdiri dari Ketua-wakil Ketua, Sekretaris, Bendahara, Keamanan, Bahasa, Pendidikan, Dewan Kemakmuran Masjid (DKM), Kesehatan-kebersihan, Dapur, Seni-Olahraga, dan Asrama-Tarbawi. Disetiap departemen memililki pembibing masing-masing.
BEST BQ merupakan organisasi seperti OSIS di sebuah sekolah-sekolah lainnya, namun tingkat kesulitannya jauh lebih sulit di banding OSIS pada umumnya, karena tugas BEST BQ tidak hanya diruang lingkup sekolah saja, tapi juga bertugas di ruang lingkup pesantren selama 24 jam.
Pada tanggal 28 Februari 2017 terdapat peristiwa penting yaitu pergantian BEST BQ yang lama masa bakti 2016-2017 yang dipimpin oleh saudara Didin Hafidudin asal makasar dengan BEST BQ YANG BARU MASA BAKTI 2017-2018 yang dipimpin oleh saudara Muhammad Jundi Al-adly, dan ini merupakan BEST BQ angkatan yang ke 2.
