Berawal dari tahun 2006, Dr. KH. Muslih Abdul Karim MA memiliki gagasan untuk membangun Pesantren Baitul Qur’an. Gagasan itu kemudian terwujud dengan terbangunnya Pondok Pesantren khusus penghafal Al-Qur’an bagi anak-anak yatim-piatu dan kaum dhuafa untuk jenjang Sekolah Menengah Pertama ( SMP ) sampai Sekolah Menengah Atas ( SMA ) dengan sistem pembelajaran boarding school.
Seiring dengan berkembangnya zaman dan atas dasar memenuhi kebutuhan masyarakat yang membutuhkan mubaligh dalam perkara-perkara ilmu Al-Qur-an dan tafsirnya, maka selaras dengan landasan metode pembelajaran di Baitul Qur’an yang menggunakan metode 5 T, yaitu Tahsin, tahfizh, Tafsir, Tatbiq dan Tabligh, juga selaras dengan Tri Dharma Perguruan Tinggi, Pesantren Baitul Qur’an mendirikan Sekolah Tinggi Ilmu Al-Qur’an Baitul Qur’an (STIQ BQ) dengan Program Studi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir (IAT) untuk mencetak sarjana-sarjana muda yang hâfizh Al-Qur’an ( hafal 30 juz ) serta ilmu-ilmu yang berkaitan dengan Al-Qur’an dan akan menyandang gelar akademik Sarjana Agama (S.Ag) setelah menyelesaikan studinya selama 4 tahun/8 semester lamanya.
Adapun Kurikulum yang diterapkan STIQ BQ merupakan kurikulum berbasis kompetensi (KBK) yang memadukan kurikulum nasional yang berlaku dengan mata kuliah kekhususan STIQ dalam Tahsin dan Tahfizh Al-Qur’an dan penelitian (riset) dalam bidang keagamaan studi Al-Qur’an